Bio je jedan od najpoželjnijih holivudskih neženja za kojim su uzdisale žene diljem svijeta, ali nekoliko mjeseci prije smrti, kada je objavljeno da Rock Hudson boluje od side, javnost je doznala da je cijeli život vješto skrivao da je homoseksualac. Hudsonova homoseksualnost bila je strogo čuvana tajna, jer bi njezino priznanje u to vrijeme značilo kraj njegove karijere. U svijetu u kojem su glumci morali utjeloviti heteroseksualni ideal, Rock je tu ulogu igrao ne samo u filmovima, već i u vlastitom životu.
Njegova najveća i najiskrenija ljubav bio je Lee Garlington, muškarac kojeg je upoznao početkom šezdesetih. Garlington je u to vrijeme bio mladi statist i među njima se ubrzo rodila duboka veza. Njihova veza trajala je tri godine - od 1962. do 1965. - ali morala je ostati potpuna tajna. Hudson je znao da istina o njegovoj orijentaciji može uništiti sve što je postigao. Zato su se na javnim događajima pojavljivali u pratnji žena, dok su im večeri u četiri zida bile jedina oaza iskrenosti.
Kad mu je obožavateljica provalila u kuću, Rock se uspaničio da će otkriti privatne fotografije njega i Lee. Taj incident bio je prekretnica – odlučio je prekinuti vezu i podići visoka vrata oko svoje vile. Istovremeno je podigao i nevidljive zidove oko svog srca. Kako bi utišao glasine, Hudson se 1955. oženio Phyllis Gates, tajnicom svog agenta. Brak je trajao samo tri godine, ali je ispunio svoju svrhu - smirio je medije i spasio Rockov ugled.
Nakon razvoda od Hudsona, Gates se okušala u karijeri dizajnerice interijera u Los Angelesu i nikada se nije ponovno udala, prema The Guardianu. Umrla je u dobi od 80 godina, 4. siječnja 2006., od raka pluća.
Godine 1984. Rock Hudson saznao je da boluje od AIDS-a. U vrijeme kada je bolest bila stigmatizirana, glumac se odlučio povući iz javnosti. Godinu dana kasnije otkrio je istinu o svojoj bolesti, postavši prvi veliki holivudski glumac koji je javno objavio da je zaražen HIV-om.
Iako je tvrdio da se zarazio transfuzijom krvi, mediji su odmah povezali njegovu bolest s pričama o njegovom skrivenom privatnom životu. Nakon njegove smrti, bivši partner Mark Christian podnio je tužbu, tvrdeći da je Hudson imao odnose s njim čak i nakon što je znao da je HIV pozitivan. Sud mu je dosudio odštetu za "emocionalnu bol".
